Package org.jmol.api

Interface SymmetryInterface

All Known Implementing Classes:
Symmetry

public interface SymmetryInterface
  • Method Details

    • addBioMoleculeOperation

      int addBioMoleculeOperation(javajs.util.M4 mat, boolean isReverse)
    • addLatticeVectors

      boolean addLatticeVectors(javajs.util.Lst<float[]> lattvecs)
    • addSpaceGroupOperation

      int addSpaceGroupOperation(String xyz, int opId)
    • addSubSystemOp

      String addSubSystemOp(String code, javajs.util.Matrix rs, javajs.util.Matrix vs, javajs.util.Matrix sigma)
    • calculateCIPChiralityForAtoms

      void calculateCIPChiralityForAtoms(Viewer vwr, javajs.util.BS bsAtoms)
    • calculateCIPChiralityForSmiles

      String[] calculateCIPChiralityForSmiles(Viewer vwr, String smiles) throws Exception
      Throws:
      Exception
    • checkDistance

      boolean checkDistance(javajs.util.P3 f1, javajs.util.P3 f2, float distance, float dx, int iRange, int jRange, int kRange, javajs.util.P3 ptOffset)
    • createSpaceGroup

      boolean createSpaceGroup(int desiredSpaceGroupIndex, String name, Object data, int modDim)
    • fcoord

      String fcoord(javajs.util.T3 p)
    • findSpaceGroup

      Object findSpaceGroup(Viewer vwr, javajs.util.BS atoms, String xyzList, float[] unitcellParams, boolean asString, boolean isAssign)
    • generateCrystalClass

      javajs.util.Lst<javajs.util.P3> generateCrystalClass(javajs.util.P3 pt0)
    • getCanonicalCopy

      javajs.util.P3[] getCanonicalCopy(float scale, boolean withOffset)
    • getCartesianOffset

      javajs.util.P3 getCartesianOffset()
    • getCellRange

      int[] getCellRange()
    • getConventionalUnitCell

      javajs.util.T3[] getConventionalUnitCell(String latticeType, javajs.util.M3 primitiveToCryst)
    • getCoordinatesAreFractional

      boolean getCoordinatesAreFractional()
    • getEquivPointList

      void getEquivPointList(javajs.util.Lst<javajs.util.P3> pts, int nIgnore, String flags)
    • getEquivPoints

      javajs.util.Lst<javajs.util.P3> getEquivPoints(javajs.util.Lst<javajs.util.P3> pts, javajs.util.P3 pt, String flags)
    • getFractionalOffset

      javajs.util.P3 getFractionalOffset()
    • getFractionalOrigin

      javajs.util.T3 getFractionalOrigin()
    • getIntTableNumber

      String getIntTableNumber()
    • getInvariantSymops

      int[] getInvariantSymops(javajs.util.P3 p3, int[] v0)
    • getIterator

      AtomIndexIterator getIterator(Viewer vwr, Atom atom, javajs.util.BS bstoms, float radius)
    • getLatticeCentering

      javajs.util.Lst<javajs.util.P3> getLatticeCentering()
    • getLatticeDesignation

      Object getLatticeDesignation()
    • getLatticeOp

      int getLatticeOp()
    • getLatticeType

      char getLatticeType()
    • getMatrixFromString

      String getMatrixFromString(String xyz, float[] temp, boolean allowScaling, int modDim)
    • getMoreInfo

      javajs.util.Lst<String> getMoreInfo()
    • getOperationRsVs

      javajs.util.Matrix getOperationRsVs(int op)
    • getPointGroupInfo

      Object getPointGroupInfo(int modelIndex, String drawID, boolean asInfo, String type, int index, float scale)
    • getPointGroupName

      String getPointGroupName()
    • getQuaternionRotation

      javajs.util.Quat getQuaternionRotation(String abc)
    • getSiteMultiplicity

      int getSiteMultiplicity(javajs.util.P3 a)
    • getSpaceGroup

      Object getSpaceGroup()
    • getSpaceGroupInfo

      Map<String,Object> getSpaceGroupInfo(ModelSet modelSet, String spaceGroup, int modelIndex, boolean isFull, float[] cellParams)
    • getSpaceGroupInfoObj

      Object getSpaceGroupInfoObj(String name, float[] params, boolean isFull, boolean addNonstandard)
    • getSpaceGroupName

      String getSpaceGroupName()
    • getSpaceGroupNameType

      String getSpaceGroupNameType(String type)
      Parameters:
      type - "Hall" or "HM" or "ITA"
      Returns:
      type or null
    • getSpaceGroupOperation

      javajs.util.M4 getSpaceGroupOperation(int i)
    • getSpaceGroupOperationCode

      String getSpaceGroupOperationCode(int op)
    • getSpaceGroupOperationCount

      int getSpaceGroupOperationCount()
    • getSpaceGroupXyz

      String getSpaceGroupXyz(int i, boolean doNormalize)
    • getSpinOp

      float getSpinOp(int op)
    • getState

      boolean getState(ModelSet ms, int modelIndex, javajs.util.SB commands)
    • getSymmetryInfoAtom

      Object getSymmetryInfoAtom(ModelSet ms, int iatom, String xyz, int op, javajs.util.P3 translation, javajs.util.P3 pt, javajs.util.P3 pt2, String id, int type, float scaleFactor, int nth, int options)
      Parameters:
      ms -
      iatom -
      xyz -
      op -
      translation - TODO
      pt -
      pt2 - a second point or an offset
      id -
      type - T.point, T.lattice, or T.draw, T.matrix4f, T.label, T.list, T.info, T.translation, T.axis, T.plane, T.angle, T.center
      scaleFactor -
      nth - TODO
      options - could be T.offset
      Returns:
      a variety of object types
    • getSymmetryInfoStr

      String getSymmetryInfoStr()
    • getSymmetryOperations

      javajs.util.M4[] getSymmetryOperations()
    • getTensor

      Tensor getTensor(Viewer vwr, float[] anisoBorU)
    • getTransform

      javajs.util.M4 getTransform(javajs.util.P3 fracA, javajs.util.P3 fracB, boolean debug)
    • getUnitCell

      SymmetryInterface getUnitCell(javajs.util.T3[] points, boolean setRelative, String name)
    • getUnitCellAsArray

      float[] getUnitCellAsArray(boolean vectorsOnly)
    • getUnitCellInfo

      String getUnitCellInfo(boolean scaled)
    • getUnitCellInfoMap

      Map<String,Object> getUnitCellInfoMap()
    • getUnitCellInfoType

      float getUnitCellInfoType(int infoType)
    • getUnitCellMultiplied

      SymmetryInterface getUnitCellMultiplied()
    • getUnitCellMultiplier

      javajs.util.T3 getUnitCellMultiplier()
    • getUnitCellParams

      float[] getUnitCellParams()
    • getUnitCellState

      String getUnitCellState()
    • getUnitCellVectors

      javajs.util.P3[] getUnitCellVectors()
    • getUnitCellVerticesNoOffset

      javajs.util.P3[] getUnitCellVerticesNoOffset()
    • getV0abc

      javajs.util.T3[] getV0abc(Object def, javajs.util.M4 m)
    • haveUnitCell

      boolean haveUnitCell()
    • initializeOrientation

      void initializeOrientation(javajs.util.M3 matUnitCellOrientation)
    • isBio

      boolean isBio()
    • isPolymer

      boolean isPolymer()
    • isSimple

      boolean isSimple()
    • isSlab

      boolean isSlab()
    • isSupercell

      boolean isSupercell()
    • newSpaceGroupPoint

      void newSpaceGroupPoint(javajs.util.P3 pt, int i, javajs.util.M4 o, int transX, int transY, int transZ, javajs.util.P3 retPoint)
    • notInCentroid

      javajs.util.BS notInCentroid(ModelSet modelSet, javajs.util.BS bsAtoms, int[] minmax)
    • removeDuplicates

      javajs.util.BS removeDuplicates(ModelSet ms, javajs.util.BS bs, boolean highPrec)
    • rotateAxes

      javajs.util.V3[] rotateAxes(int iop, javajs.util.V3[] axes, javajs.util.P3 ptTemp, javajs.util.M3 mTemp)
    • setFinalOperations

      void setFinalOperations(int dim, String name, javajs.util.P3[] atoms, int iAtomFirst, int noSymmetryCount, boolean doNormalize, String filterSymop)
    • setLattice

      void setLattice(int latt)
      set symmetry lattice type using Hall rotations
      Parameters:
      latt - SHELX index or character lattice character P I R F A B C S T or \0
    • setOffset

      void setOffset(int nnn)
    • setOffsetPt

      void setOffsetPt(javajs.util.T3 pt)
    • setPointGroup

      SymmetryInterface setPointGroup(SymmetryInterface pointGroupPrevious, javajs.util.T3 center, javajs.util.T3[] atomset, javajs.util.BS bsAtoms, boolean haveVibration, float distanceTolerance, float linearTolerance, int maxAtoms, boolean localEnvOnly)
    • setSpaceGroup

      void setSpaceGroup(boolean doNormalize)
    • setSpaceGroupName

      void setSpaceGroupName(String name)
    • setSpaceGroupTo

      void setSpaceGroupTo(Object spaceGroup)
      Parameters:
      spaceGroup - ITA number, ITA full name ("48:1")
    • setSymmetryInfo

      SymmetryInterface setSymmetryInfo(int modelIndex, Map<String,Object> modelAuxiliaryInfo, float[] notionalCell)
    • setTimeReversal

      void setTimeReversal(int op, int val)
    • setUnitCell

      SymmetryInterface setUnitCell(float[] params, boolean setRelative)
    • setUnitCell

      void setUnitCell(SymmetryInterface uc)
    • toCartesian

      void toCartesian(javajs.util.T3 pt, boolean ignoreOffset)
    • toFractional

      void toFractional(javajs.util.T3 pt, boolean ignoreOffset)
    • toFractionalM

      void toFractionalM(javajs.util.M4 m)
    • toFromPrimitive

      boolean toFromPrimitive(boolean toPrimitive, char type, javajs.util.T3[] oabc, javajs.util.M3 primitiveToCrystal)
    • toSupercell

      javajs.util.P3 toSupercell(javajs.util.P3 fpt)
    • toUnitCell

      void toUnitCell(javajs.util.T3 pt, javajs.util.T3 offset)
    • toUnitCellRnd

      void toUnitCellRnd(javajs.util.T3 pt, javajs.util.T3 offset)
    • unitCellEquals

      boolean unitCellEquals(SymmetryInterface uc2)
    • unitize

      void unitize(javajs.util.T3 ptFrac)